バイオインフォマティクス基礎講義　一歩進んだ発想をみがくために

バイオインフォマティクス基礎講義　一歩進んだ発想をみがくために

―目次―

1章　序　論

あるおはなし

空間と時間の中の生命

セントラル・ドグマとその周辺にあるドグマ

観測対象とデータ・アーカイブ
　　キュレーション，アノテーション，品質管理

ワールド・ワイド・ウェブ
　　URL
　　電子出版

コンピュータとコンピュータ科学
　　プログラミング

生物分類法と命名法

配列を利用した系統関係の決定
　　SINEとLINEを利用して系統関係を導く

データベース中の類似配列の検索：PSI-BLAST

タンパク質の構造についての概説
　　タンパク質の構造様式の階層
　　タンパク質構造の分類

タンパク質構造予測とタンパク質工学
　　CASP
　　タンパク質工学

医療への応用の展望
　　将来

推奨する読み物

練習，問題，ウェブ問題

2章　ゲノムの構成と進化

ゲノミクスとプロテオミクス
　　遺伝子
　　タンパク質
　　プロテオーム

遺伝情報が伝わっていくしくみを探る
　　地図の間の地図づくり
　　高分解能地図

ゲノム中の遺伝子を探し出す

原核生物のゲノム
　　大腸菌のゲノム
　　古細菌のゲノム
　　マイコプラズマのゲノム

真核生物のゲノム
　　酵母のゲノム
　　線虫のゲノム
　　キイロショウジョウバエのゲノム
　　シロイヌナズナのゲノム

ヒトのゲノム
　　タンパク質コード遺伝子
　　反復配列
　　RNA

一塩基多型（SNP）

人類学における遺伝的多様性
　　遺伝的多様性と個人の同定
　　ウシの家畜化の遺伝的解析

ゲノムの進化
　　その遺伝子をちょうだい：遺伝子の水平伝播
　　真核生物の比較ゲノミクス

推奨する読み物

練習，問題，ウェブ問題

3章　アーカイブと情報検索

概　説
　　データベースの索引の作成と検索語
　　再検索
　　検索データの解析

アーカイブ
　　核酸配列データベース
　　ゲノムデータベース
　　タンパク質配列データベース
　　構造データベース
　　“ブティック”データベース
　　発現データベースとプロテオミクスデータベース
　　代謝経路のデータベース
　　文献データベース
　　分子生物学データベースとサーバーの概観

アーカイブへの入り口
　　分子生物学データベースへのアクセス
　　ENTREZ
　　SRS
　　PIR
　　ExPASy
　　Ensembl

我々はどこへ行くのか？

推奨する読み物

練習，問題，ウェブ問題

4章　アラインメントと系統樹

配列アラインメント序論

ドットプロット

ドットプロットと配列アラインメント